Dacă asupra datei martiriului celor doi nu există îndoieli, asupra anului jerfei sunt mai multe variante. Totuși, cronicarul bisericesc Gaius, Zeferinus, Episcopul Romei, Dionisie, Episcopul Corintului și Sfântul Ierarh Calist, Patriarhul Constantinopoluluu, susțin că Sfinții Petru și Pavel au suferit mucenicia în aceeași zi, același an (al treisprezecelea al domniei împăratului Nero), în același loc (la Roma).

Așadar, după ce petrecuseră câteva luni în închisoarea Mamertino de la Roma, cei doi apostoli au fost scoși din temniță la ordinul lui Nero, pe 29 iunie 67, și duși în afara orașului pentru a fi executați. Ei și-ar fi luat rămas bun în locul numit astăzi Porta San Paolo ("Poarta Sfântului Pavel"). De aici, Petru a fost dus la Circul lui Nero, pe colina Ianiculum (ocupată astăzi parțial de Catedrala San Pietro a lui Bramante și Michelangelo) și aici a fost răstignit cu capul în jos, la cererea sa, deoarece nu s-a considerat vrednic să moară în același chip cu Hristos, Spre deosebire de Petru, Pavel era cetățean roman. În această calitate, el nu putea fi răstignit, moartea pe cruce fiind considerată umilitoare de "stăpânii lumii", așa că a fost condamnat la decapitare.

"Apostolul neamurilor" a fost executat în locul numit "Aquae Salviae" ("Ape dulci"), aflat pe Via Ostiense. Tradiția spune că, în momentul execuției, capul Sfântului Pavel a sărit de trei ori, în acele locuri țâșnind din pământ trei izvoare. Acestea există și astăzi (foto jos), iar deasupra lor a fost ridicată o biserică numită „Tre fontane" ("Trei fântâni"), într-un parc cu pini seculari care degajă o pace și o liniște dumnezeiești. În același parc se află și basilica Santa Maria Scala Coeli, unde, prin bunăvoința Bisericii Catolice, se țin slujbe pentru comunitatea românească de la Roma.