Emanuil Gojdu are origini aromâne, familia sa, negustori înstăriţi, fiind originară din oraşul Moscopole, Macedonia greacă (sudul Albaniei de azi). Emanuil Gojdu s-a născut pe data de 9 februarie 1802, în Oradea, locuind în casa de la nr. 1 de pe actuala stradă Traian Moșoiu.

Tatăl lui Emanuil, Atanasie (d. 1821), a fost trecut în matricola botezaților, de la Parohia ortodoxă română din Oradea, cu numele de familie Popovici și numai în matricola morților i s-a adăugat numele de Gojdu. Mama lui Emanuil Gojdu a fost Ana Poynar de Craidorolţ (n. 1779 - d. 1816), fiica lui Dimitrie Poynar, mare comerciant. Căsătoria lor a fost binecuvântată cu șase băieți: Dumitru, Emanuil, Ioan, Simion, Vasile și Gheorghe.

Biografa lui Gojdu amintește că „tânărul Emanuil Gojdu şi-a petrecut copilăria în oraşul natal. A început să înveţe carte la şcoala primară ortodoxă românească din Oradea, continuând Gimnaziul Superior Premontori tot acolo”. În anul şcolar 1819/20, Gojdu a absolvit Liceul catolic din Eger. Tânărul și-a continuat studiile, între anii 1820-1821, la Academia de Drept din Oradea, apoi din 1821 până în 1822, la Academia de Drept din Pojon (Bratislava), ca în anul 1824 să-și obțină diploma la Universitatea din Pesta.

După absolvirea Academiei de Drept s-a stabilit în Pesta, unde, timp de trei ani, a fost avocat stagiar la biroul avocațial al poetului sârbo-maghiar Vitkovics Mihály. Gojdu și-a deschis propriul birou de avocat și, în scurt timp, a devenit o autoritate juridică recunoscută în Ungaria, mai ales în cauzele criminale. În anul 1861, pentru câteva luni, a ocupat funcția de Comite suprem (prefect) al județului Caraș. Numirea i-a adus şi calitatea de membru al Casei Magnaților, forul suprem al Parlamentului maghiar.

Spiritul negustoresc al familiei sale i s-a transmis şi tânărului avocat care, în timp, reuşeşte să acumuleze o avere impresionantă, devenind unul dintre cei mai înstăriţi oameni din Budapesta. Gojdu era convins că numai prin progres material se poate asigura și progresul cultural. Astfel, cele două mori cu aburi la care era proprietar, acțiunile în bănci, terenurile și casele au fost puse toate în slujba „națiunii române”, încă din timpul vieții, oferind burse tinerilor români. Averea sa, care va fi gestionată de Fundația ce îi va purta numele, va ajunge, în 1911, să fie echivalentul a 2,5 tone aur fin. 

Neavând urmași, și-a lăsat averea sa „națiunii române”, fiind administrată de Fundația „Emanuil Gojdu”, cu un program stabilit până în anul 2071. Conducerea Fundației a fost încredințată unei Reprezentanțe, cu sediul la Sibiu, din cadrul căreia făceau parte ierarhi ai Bisericii Ortodoxe Române din Transilvania, dar și aleși mireni. Din veniturile Fundației au fost acordate 10.766 de burse elevilor și studenților ortodocși din Transilvania și Ungaria. Printre bursierii „Gojdu” s-au aflat: Traian Vuia, Octavian Goga, Teodor Neş, Victor Babeş, Constantin Daicoviciu, Ioan Lupaş, Silviu Dragomir și chiar și Petru Groza.                                                                                   

Gojdu și-a redactat testamentul pe 4 noiembrie 1869, în fața unor martori care nu i-au cunoscut cuprinsul. Conținutul a fost făcut public abia în ziua morții, 3 februarie 1870. Cel mai important punct este al șaptelea: „Întreagă averea mea o las în întregul ei acelei părţi a naţiunei române din Ungaria şi Transilvania, care se ţine de legea răsăriteană ortodoxă. Din lăsămîntul acesta voiesc să se constituie o fundaţiune permanentă, care va purta numele «Fundaţiunea Gozsdu», [și va acorda] stipendii acelor tineri români de religiunea răsăriteană ortodoxă, distinşi prin purtare bună şi prin talente, ai căror părinţi nu sunt în stare cu averea lor proprie să ducă la îndeplinire creşterea şi cultivarea copiilor lor”.

Gojdu a fost căsătorit cu Anastasia Pometa (n. 1800), văduva Vulpe, fiică de negustor macedoromân. Au avut o fetiță, Maria Cornelia, născută în 1831, care a trăit doar un an. În 2 ianuarie 1863, Anastasia Pometa moare și ea. La scurt timp, Gojdu se recăsătorește cu Melania Dumtsa, tot de origine macedoromână, fiica mai mică a lui Ignație Dumtsa, director de bancă la Pesta.