În 1917 patrimoniul Fundaţiei Gojdu a fost estimat la 8 milioane de coroane, fiind cea mai mare fundaţie constituită din fonduri private din Imperiul Austro-Ungar. Emanuil Gojdu a lăsat un important număr de acţiuni la băncile „Pesti Hazai Elso&Takarekpenztar" şi „Hazai Bank" din Budapesta, precum şi un complex imobiliar în centrul Budapestei format din opt imobile mari cunoscute sub numele de „Curţile Gojdu". Cu patrimoniul şi conturile blocate după 1920, Fundaţia şi-a încetat activitatea din lipsa resurselor financiare. A urmat acordul din 1937, neaplicat niciodată de partea maghiară, pentru ca în 1952 Curţile Gojdu să fie naţionalizate de către Statul maghiar, fiind subtilizate din nou proprietarului de drept, Fundaţia Gojdu, prea slabă pentru a-şi recupera singură patrimoniul.

În 1993 statul maghiar acordă 43 de milioane de forinţi drept despăgubiri bisericeşti Vicariatului Ortodox de la Gyula, menţinându-şi autoritatea asupra Curţilor Gojdu. Lăsând la o parte, deocamdată, modul în care Vicariatul a primit banii, deşi nu avea niciun drept asupra imobilelor, mai trebuie amintit faptul că cele opt clădiri sunt trecute în patrimoniul public al Primăriei Sectorului VII din Budapesta. Nu trebuie uitată însă tăcerea în care s-a complăcut Biserica Ortodoxă Română, „cazul Gojdu" nefiind în atenţia înalţilor prelaţi până în 1996, când este reînfiinţată Fundaţia Gojdu de la Sibiu, sub patronajul unor înalte feţe bisericeşti. De ce a trebuit „reînfiinţată" Fundaţia Gojdu, când ea de drept nu a încetat niciodată să existe, nu poate să explice nimeni. Încă de la înfiinţarea ei sub mitropolitul Şaguna în 1870, organizaţia avea prin statut sediu şi preşedinte în persoana mitropolitului Ardealului.

Considerând că prin acordarea celor 43 de milioane de forinţi s-a achitat de datoriile către partea română, autorităţile ungare au iniţiat contacte pentru a vinde ansamblul de clădiri. În acest scop au trecut Curţile Gojdu din proprietatea publică în cea privată a Primăriei din Budapesta.

În acel moment a intervenit preşedintele Fundaţiei, preotul Aurel Pavel, care a angajat un avocat în Budapesta şi a dat în judecată statul maghiar pentru a bloca vânzarea. Procesul eşuează pentru că instanţa Judecătoriei Sectorului VII din Budapesta apreciază că Fundaţia Gojdu nu are calitate procesuală de parte în proces. Totuşi, demersul preotului Aurel Pavel are un efect, atrăgând atenţia autorităţilor ungare asupra faptului că partea română nu este dispusă să încheie socotelile. Totodată, Guvernul PSD şi premierul Adrian Năstase iniţiază în 2003 convorbiri cu statul vecin pentru a opri înstrăinarea bunurilor. Candidatul actual al PSD la Preşedinţia României, Mircea Geoană, face o vizită la Budapesta în calitate de ministru de Externe, de unde se întoarce cu vestea unui „succes". Guvernul român ar fi urmat să achiziţioneze contra cost o parte din Curţile Gojdu şi a oferit părţii maghiare posibilitatea constituirii unei fundaţii comune care să continue munca filantropică iniţiată de Gojdu. Pe fondul schimbării de regim din 2004, partea ungară vinde însă Curţile Gojdu unei firme off-shore din Cipru. Noul proprietar este o companie israeliană, „Autoker Holding Rt", reprezentanţii ei afirmând că vor transforma Curţile Gojdu într-un centru comercial şi de agrement. Conform presei maghiare, firma respectivă se afla în sfera de interese a fostului premier ungar de stânga, Peter Medgyessy.

Guvernul Tăriceanu a moştenit şi continuat demersurile înfiinţării unei fundaţii Gojdu comune româno-maghiare. Cele două Guverne semnează un acord privind înfiinţarea unei fundaţii publice bilaterale româno-maghiară, intitulată „Fundaţia Emanuil Gojdu". În momentul în care intră în dezbaterea Parlamentului, izbucneşte un scandal imens, Biserica Ortodoxă Română reacţionând vehement. În cele din urmă, intenţia „clonării" şi deposedării adevăratei Fundaţii Gojdu este dejucată. Senatul României respinge definitiv pe 3 martie 2008 ratificarea acordului dintre Guvernul României şi cel al Ungariei privind înfiinţarea Fundaţiei publice româno-ungare Gojdu.

Preşedintele Fundaţiei Gojdu, mitropolitul Laurentiu Streza, declara în martie 2008 pentru Rompres că va încerca să obţină susţinerea statului român pentru a intenta un proces statului ungar, în vederea recuperării moştenirii Gojdu. „Acţiunea va fi împreună cu statul român împotriva statului maghiar. (...) Următorul pas va fi acela al unei acţiuni juridice, care nu ştiu cum ar trebui făcută. Eu nu acţionez în numele Mitropoliei, ci în numele fundaţiei. Ne trebuie o casa de avocatură care sa preia cazul respectiv", spunea mitropolitul Ardealului. De atunci a trecut mai bine de un an şi, deşi am solicitat mai multe informaţii privind demersul în justiţie al Fundaţiei, conducerea ei păstrează tăcerea. Mai trebuie menţionat că Ungaria nu are în acest moment legislaţie privind bunurile deţinute de o fundaţie privată, fapt care face extrem de dificilă recuperarea bunurilor Gojdu. Aici ar putea interveni europarlamentarii români care pot solicita Comisiei Europene să dea recomandări în privinţa soluţionării litigiului, implicit de armonizare a legislaţiei în privinţa fundaţiilor private care deţin bunuri pe teritoriul altor state din UE.