Sediile secundare ale contribuabililor mijlocii sunt administrate de Administraţiile Judeţene ale Finanţelor Publice, prin Administraţia fiscală pentru contribuabilii mijlocii în a căror rază teritorială îşi are domiciliul fiscal contribuabilul care le-a înfiinţat.

Potrivit Ordinului nr. 3001/2014 pentru modificarea OPANAF nr. 3582/2013 privind organizarea activităţii de administrare a contribuabililor mijlocii (publicat în Monitorul Oficial nr. 733/7 octombrie 2014), nu este vorba despre vreo nouă obligaţie declarativă a controibuabililor din această categorie, ci despre un transfer din oficiu al creanţelor fiscale ale acestora, de la Administraţia fiscală pentru contribuabilii mijlocii în a căror rază teritorială sediile secundare îşi desfăşoară activitatea, care le-a administrat între 1 ianuarie - 16 octombrie 2014, la Administraţia fiscală pentru contribuabilii mijlocii în a cărei rază teritorială îşi are domiciliul fiscal societatea-mamă. Potrivit art. 34 din Codul de procedură fiscală, în cazul sediilor secundare înregistrate fiscal, potrivit legii (cele cu mai mult de 5 salariaţi), competenţa teritorială pentru administrarea impozitului pe venitul din salarii datorat de acestea revine unităţii fiscale competente pentru administrarea obligaţiilor datorate de contribuabilul care le-a înfiinţat, în timp ce competenţa pentru înregistrarea fiscală a sediilor secundare ca plătitoare de salarii şi venituri asimilate salariilor (prin Formularul 060), revine Fiscului în a cărui rază teritorială se află situate acestea. În ceea ce priveşte declararea impozitului pe veniturile din salarii pentru sediile secundare cu minimum 5 salariati, ca şi până la această modificare legislativă, aceasta se face de către societatea-mamă, prin declaraţia 112, defalcat pe fiecare cod de înregistrare fiscală al sediilor secundare în cauză (se completează secţiunea F.2. a Formularului 112). Plata acestui impozit se face în contul unic 20.47.01.01 "Venituri ale bugetului de stat - sume încasate pentru bugetul de stat în contul unic, în curs de distribuire" deschis la Trezoreria la care este arondată societatea mamă, cu ordin de plată întocmit de societatea mamă, distinct pentru fiecare sediu secundar, la codul de identificare fiscală al beneficiarului înscriindu-se codul fiscal al sediului secundar.