Pentru ca o fermă convențională să devină una certificată ecologic, exploatația trebuie să treacă printr-o perioadă de conversie și de testul organismelor de inspecție și certificare autorizate de Ministerul Agriculturii și Dezvoltării Rurale. 

Pentru demararea procesului de conversie, în primul rând se selectează un organism de inspecție și certificare din lista celor aprobate de MADR, cu care se încheie și semnează un contract prin care fermierul se angajează să respecte regulamentele în vigoare în ceea ce privește metoda de producție ecologică, procesarea, comercializarea, depozitarea și etichetarea produselor agroalimentare ecologice. Împreună cu acest organism, se stabilește planul de conversie și începe implementarea acestuia. Conversia la agricultura ecologică reprezintă perioada de timp în care se face trecerea de la sistemul de agricultură convențional la sistemul de agricultură ecologică, cu aplicarea regulilor specifice acesteia din urmă. Perioada de conversie trebuie să fie suficient de îndelungată pentru a crește semnificativ fertilitatea solului și pentru a restabili echilibrul ecosistemului. În urma procesului de conversie, terenul, culturile agricole, recolta și animalele trebuie să capete calitățile specifice producției ecologice. Pentru culturi, perioada obligatorie de conversie este următoarea: cel puțin doi ani înainte de însămânțare sau, în cazul pășunilor și al furajelor perene, de cel puțin doi ani înainte de utilizarea acestor produse ca furaje obținute din agricultura ecologică; în cazul culturilor perene, altele decât furajele (ex. plantaţiile pomicole şi viticole), perioada de conversie este de cel puțin trei ani înainte de prima recoltă a produselor ecologice. Pentru animale, perioada obligatorie de conversie este următoarea: 12 luni în cazul ecvideelor și al bovinelor, pentru producția de carne și, în orice caz, cel puțin trei sferturi din durata lor de viață; 6 luni în cazul rumegătoarelor mici, al suinelor și animalelor pentru producția de lapte; 10 săptămâni în cazul păsărilor de curte pentru producția de carne, aduse în exploatație înainte de a împlini trei zile; 6 săptămâni în cazul păsărilor de curte pentru producția de ouă; un an pentru albine, dacă familia a fost cumpărată din stupine convenționale.

La sfârșitul perioadei de conversie, organismul de inspecţie şi certificare, la care este afiliat fermierul, va stabili dacă acesta a respectat toate regulile de producţie specifice agriculturii ecologice și va acorda acestuia certificatul de produs ecologic. Astfel, fermierul îşi va putea eticheta produsele cu menţiunea „produs ecologic”. Sprijinul acordat agriculturii ecologice prin PNDR 2014-2020 se situează, în acest an, între 78 şi 620 euro/ha/an, în funcţie de tipul de cultură şi vizează atât operaţiunile realizate în vederea conversiei la agricultura ecologică (Submăsura 11.1), cât şi cele pentru menţinerea certificării în agricultura ecologică (Submăsura 11.2). Potrivit documentelor informative APIA, agricultorii români pot accesa subvenţii speciale pentru agricultura ecologică prin Măsura 11 din PNDR, în cadrul căreia există 6 pachete disponibile: Culturi agricole pe terenuri arabile (inclusiv plante de nutreţ) – conversie (293 €/ha/an); certificat (218 €/ha/an); legume – conversie (500 €/ha/an); certificat (431 €/ha/an); livezi - conversie (620 €/ha/an); certificat (442 €/ha/an); vii - conversie (530 €/ha/an); certificat (479 €/ha/an); plante medicinale şi aromatice – conversie (365 €/ha/an); certificat (350 €/ha/an); pajişti permanente - sub-pachetul 6.1 - conversie (124 €/ha/an); certificat (111 €/ha/an); pajişti permanente - Sub-pachetul 6.2 - conversie (87 €/ha/an); certificat – 78 €/ha/an.